Człowiek pojawił się w okolicach dzisiejszych Obornik około 12 tysięcy lat temu.
Osadnictwo historyczne na obszarze ziemi obornickiej związane jest z grodem wczesnośredniowiecznym i późniejszą kasztelanią Radzim, która jednak do końca XIII wieku straciła na znaczeniu, między innymi na korzyść rozwijających się Obornik.
Lokacji Obornik i powiązanej z nią fundacji klasztoru franciszkanów przez księcia Bolesława Pobożnego możemy doszukiwać się już w XIII wieku. Z końca tego stulecia, a dokładniej z 1299 roku pochodzi pierwsza informacja o Obornikach, wtedy odwiedził je książę Władysław Łokietek, późniejszy król Polski.
Źródłowe potwierdzenie praw miejskich Obornik odnajdujemy w 1339 roku,wtedy też poznajemy Macieja – pierwszego znanego z imienia obornickiego wójta. Wiek XIV przyniósł pierwszy wizerunek miejskiego herbu. Znajduje się on na pieczęci dokumentu przechowywanego w toruńskim archiwum. Herb przedstawiał polskiego orła piastowskiego bez korony. Orzeł ten był symbolem miasta przez siedem wieków i nie zmieniło się to do dziś.
Oborniki cieszyły się przychylnością i przywilejami między innymi Władysława Jagiełły, który wielokrotnie w nich przebywał. Na przełomie XV/XVI wieku rozpoczął się bardzo korzystny okres w historii miasta, wytyczony został rynek, zbudowano murowany zamek starościński i trzy kościoły, z których jeden – farny, możemy podziwiać do dziś. Po okresie rozkwitu nastały jednak ciężkie chwile. Zamek obornicki wraz ze znaczną częścią miasta zostały doszczętnie zniszczone podczas tragicznego potopu szwedzkiego z lat 1655-1660. Nie ominęła Obornik wojna siedmioletnia 1756-63 oraz wydarzenia konfederacji barskiej 1768-70.
W roku 1793 Oborniki weszły w skład państwa pruskiego. Zaborca ustanowił Oborniki stolicą powiatu, obejmującego swym zasięgiem aż 224 miejscowości, w tym Rogoźno, Szamotuły, Wronki i Murowaną Goślinę. Mieszkańcy Obornik walczyli w powstaniach listopadowym i styczniowym, podczas Wiosny Ludów 1848, a także wspierali materialnie zbrojne wystąpienia powstańców. Do nastawionej patriotycznie szlachty ziemi obornickiej przybywali znakomici goście, tacy jak Adam Mickiewicz (Łukowo, Objezierze), Franciszek Mickiewicz (Łukowo, Rożnowo), Józef Ignacy Kraszewski czy Julian Ursyn Niemcewicz (Objezierze).
Następował powolny rozwój gospodarczy. W 1879 roku Oborniki zyskały połączenie kolejowe z Poznaniem i Piłą, w 1897r. założono w mieście Spółdzielczy Bank Ludowy.
Wraz z wybuchem I wojny światowej pojawiła się nadzieja na długo oczekiwaną niepodległość. Oborniczanie entuzjastycznie powitali jadącego do Poznania Ignacego Jana Paderewskiego, a następnie wzięli udział w Powstaniu Wielkopolskim, które zakończyło się pełnym sukcesem.
W dniu 8 września 1939 roku, Oborniki zostały zajęte przez oddziały hitlerowskie. W czasie wojny aktywnie działała w Obornikach podziemna organizacja harcerska Szare Szeregi, której komendant – harcmistrz Jan Miękus został zgładzony w obozie koncentracyjnym Gross Rosen. Miasto zostało wyzwolone w nocy z 24 na 25 stycznia 1945 roku.
Okres powojenny to powolna odbudowa społeczna i gospodarcza miasta. W roku 1975 Oborniki znalazły się w województwie poznańskim. W efekcie przemian, w roku 1990 pierwszym demokratycznym burmistrzem wybrany został Julian Kubiak. Z dniem 1 stycznia 1999 roku Oborniki stały się ponownie siedzibą powiatu.
Dzisiaj, u progu XXI wieku, Oborniki są nowoczesnym miastem, które potrafi doceniać swą chlubną przeszłość i tradycję. Burmistrz Obornik w swoich insygniach miejskich ma wkomponowane herby zasłużonych obornickich rodów – Abdank i Wedel oraz historyczny herb miasta z XIV wieku. Miasto staje się coraz piękniejsze i bogatsze, a zmiany te widać na każdym kroku.